Il Porto di Ponza è chiuso ed avvolto dal suo paese, ad est vi si trovano le famose grotte di Pilato usate sin dai tempi dei romani per l'allevamento delle murene, ad ovest si sviluppa l'alta costa con i suoi faraglioni aguzzi, sopra al quale un faro indica la presenza del porto ai naviganti.
Inizialmente porto di pescatori, che ancora oggi praticano la pesca nei mari vicini e riforniscono i numerosi ristoranti della zona, oggi Ponza è collegata con tre linee marittime che permettono il contatto con il continente sia dai porti di Formia, Napoli e Anzio dai quali partono corse di traghetti giornaliere e sempre più frequenti nel periodo estivo.
Il Porto di Ponza presenta anche numerose banchine e pontili dove volentieri vi ormeggiano yacht con a bordo vip e personaggi dello spettacolo italiani ed internazionali.
Ponza ha anche un secondo approdo, situato nel versante nord dell'isola nei pressi della località turistica Le Forna, presso Cala feola, ma qui vi possono ormeggiare solo piccole imbarcazioni con lunghezza inferiore ai 6 metri.